距今约5000年前，云集着智者和贤达的神秘之岛亚特兰蒂斯大陆一夜之间沉没。大西洋底的波塞冬族向亚特兰蒂斯大陆的飞龙族发起进攻，在强大邪恶的攻势之下，飞龙族彻底覆灭。13年前，在日本的一个海边小村里有个渔夫，在海边一洞中发现一个婴儿，当他带出婴儿时见到了一只白海豚。13年后，婴儿质变为健壮的少年，而白海豚再次出现，随之而来的是巨大的海洋怪兽，为了不牵连村里的爷爷，为了查清自己的身世，阿钟带着飞龙神剑随白海豚去找海龟梅顿。